狗狗的短腿基因（如柯基、腊肠犬的侏儒症基因）确实存在骨骼及关节健康隐患，其根本原因是“软骨发育不全”（ACH），属于常染色体显性遗传。这类狗狗的四肢长骨（如股骨、胫骨）因软骨细胞分化异常，导致骨骼生长停滞，形成短腿特征，但躯干长度正常，从而引发身体比例失衡，增加脊柱和关节的负担。
最常见的健康问题是腰椎疾病，腊肠犬尤为高发，约20%-30%的个体会患椎间盘突出（IVDD）。由于腰椎过长而支撑力不足，椎间盘容易退化、膨出，压迫脊髓，表现为后肢无力、疼痛、甚至瘫痪。严重病例需手术摘除突出的椎间盘，否则可能永久瘫痪。此外，短腿犬的髋关节、膝关节因受力不均，易提前出现骨关节炎，老年时行走困难，需长期服用关节保护剂（如氨糖、软骨素）。

短腿基因还可能伴随其他发育异常，如柯基犬可能出现寰枢椎半脱位（颈椎不稳定），幼犬时期易因颈部受伤导致神经症状；部分短腿犬的肋骨畸形可能影响呼吸功能，运动耐受力下降。虽然短腿犬的可爱外形受人喜爱，但饲养时需特别注意：避免让狗狗频繁上下楼梯、跳跃，控制体重（肥胖会加剧脊柱负担），定期进行脊柱和关节的影像学检查（如X光），发现问题及时干预。从动物福利角度，过度追求短腿特征的育种行为可能加剧健康风险，建议饲养者优先考虑狗狗的健康而非外形。