近亲狗杂交（如父女、母子交配）会显著增加隐性致病基因纯合的风险，导致后代出现严重健康问题。隐性致病基因在杂合子（携带一个致病基因）中不表现疾病，但近亲繁殖会使父母携带的相同隐性致病基因（如导致先天性心脏病、癫痫的基因）有更高概率同时传递给后代，使杂合子变为纯合子（携带两个致病基因），从而引发疾病。

近亲杂交还会降低后代免疫力，增加感染风险。隐性致病基因纯合不仅影响特定器官，还可能削弱整体免疫系统功能，使后代更易感染犬瘟热或细小病毒，且康复难度更大。此外，近亲繁殖可能导致后代出现体型异常（如头部过大、四肢短小）、性格缺陷（如过度攻击或极度胆小）等问题，降低其生活质量和适应性，需严格避免。