边境牧羊犬有两种毛发类型：长毛和短毛。长毛边境牧羊犬具有浓密而丰厚的毛发，特点是在颈部、背部和尾巴周围有明显的毛发。短毛边境牧羊犬则拥有较为紧密和平滑的短毛，没有明显的羽状毛发。两种毛发类型的边境牧羊犬在外观上有一些区别，但性格和工作能力上并没有太大差异。

选择长毛还是短毛边境牧羊犬主要取决于个人喜好和对毛发护理的能力和准备。长毛边境牧羊犬需要更多的毛发护理工作，例如定期梳理、修剪和清洁以保持它们的毛发干净和整洁。短毛边境牧羊犬相对来说更容易维护，只需要定期梳理和适量的清洁就可以。