在巴西红耳龟冬眠期间，主人需要控制好水温，一旦温度过低，很可能会导致被冻死。而当温度过高时，可能会出现提前苏醒消耗热量，从而间接造成后续冬眠时可能会被饿死。

其次，虽然巴西红耳龟在冬眠后不吃不喝不拉，但是还是会分泌出少量能污染水质的微生物。因此，为避免巴西红耳龟患病，最好能保持定期水，一般10天或者半个月时间换一次即可。

另外，巴西红耳龟在冬眠时是不需要晒太阳的，并且需要注意在红耳龟冬眠期间抵抗能力会降低，免疫力差的情况下很可能会引起疾病。因此，一般不建议体质差的红耳龟冬眠。