小乌龟壳腐烂需要及时处理，以防止病情恶化。首先，将小乌龟从原来的饲养环境中取出，用干净的温水轻轻冲洗龟壳，去除表面的污垢和杂物。然后用碘伏或聚维酮碘等消毒剂对腐烂部位进行消毒，消毒时要注意动作轻柔，避免刺激到乌龟。

消毒后，可以在腐烂部位涂抹一些抗生素药膏，如金霉素眼膏、红霉素软膏等，以防止细菌感染。涂抹药膏后，将小乌龟放在干燥、温暖且干净的环境中，避免伤口沾水。每天重复消毒和涂抹药膏的操作，直到龟壳的腐烂情况得到改善。同时，要改善小乌龟的饲养环境，保持水质清洁，定期换水，避免水质恶化导致龟壳再次感染。