黄喉拟水龟主要通过外表来进行性别分辨。从体型上来看,雄龟的体型要大一些,并且背甲也比较长,而雌龟的体型略小一些,背甲比较圆比较宽。从前爪来看,雄龟前爪比较长,而雌龟则比较小。而从腹部来看,由于生殖需要,雄龟一般会有凹陷,而雌龟的腹部则十分平坦。
从尾巴处观察,雄龟的尾巴比较长,根部粗壮,而雌龟的尾巴看上去就比较短小。最后两者的泄殖孔也有不同,雄龟的泄殖孔离腹部的后面的边缘处比较远,呈长条形,而雌龟则距离边缘处比较近,形状近似圆形。
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