巨蛇颈龟的背壳有强壮的龙骨,头部附近有黑或黄色斑点。雌龟比雄龟大。雄龟腹甲中央凹陷,肛盾缺刻较深,尾长,泄殖腔孔距背甲较远。
雌龟腹甲平坦。卵长椭圆形,通常长径34毫米,短径20毫米。颈盾极小,位于第一枚和第二枚缘盾之间,但钉颈龟却与众不同,它的颈盾较大,位于第一和第二枚缘盾的后部,第一枚椎盾的前部。其头颈部明亮的色彩和变化多端的条纹。
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