巨头蛋龟和剃刀蛋龟在多个方面存在明显的区别。

外观：巨头蛋龟出生时，肋盾上有非常明显的辐射状的花纹，而剃刀蛋龟则比较干净，只有2个芝麻大小的点。巨头蛋龟有喉盾，而剃刀蛋龟没有。剃刀蛋龟是麝香属中唯一没有喉盾的品种。

椎龙骨：巨头蛋龟的椎龙骨会随着年龄的增长变得模糊（可能消失），而剃刀蛋龟的椎龙骨是始终存在的。

食性：巨头蛋龟起初进食软体动物，也以细丝状的藻类和水生植物为食，水生昆虫、足纲节动物、小虾、小鱼、蜘蛛以及小型爬行动物都是它们的食物。剃刀蛋龟属杂食类，昆虫、甲壳类、蜗牛、蛤类、喇蛄（一种淡水小龙虾）、两栖类、以及水生植物都是它的食物。

性成熟期：巨头蛋龟公龟达到性成熟通常需要4-8年的时间，背甲的长度在7-9厘米之间，而雌龟的性成熟期平均在7年（5-9）左右，背甲达到8-10厘米。