蛇颈龟从外形分公母，雌龟体形较大，一般体重在1.75-3千克，背甲长20-25厘米，尾短，泄殖腔孔位于腹甲后部边缘内，雄龟体形小，体重在0.7-0.9千克，通常背甲长16-20厘米，尾长，泄殖腔孔位于腹甲后部边缘之外。

蛇颈龟成龟背甲长通常在12-30厘米，头扁平且较大，其颈甚长，约为背甲长的0.8倍，左右、向上弯曲很灵活。

背甲棕褐色，呈长椭圆形或卵圆形，前端比后端小，前后缘盾不呈锯齿状，腹甲黄色，较长且窄，无任何斑点，头顶部、颈背部深灰色，下颌、颈腹部为淡灰色，头部较扁平，喙呈流线形，没有锯齿，颈部较长，几乎超过自身背甲长度。