巨头麝香龟不是保护动物，巨头麝香龟的龟壳形状为椭圆形，最长的可以生长到14厘米。表面看上去非常平坦，龟壳上有一横二竖三条脊椎线，但是随着年龄的增长这三条线会慢慢的消失掉。

龟壳的颜色有咖啡色跟橙色两种样式的，上面还有放射状的条纹组成的形状不一的图案。

这些图案和色彩也会随着年龄的增长而消失掉，巨头麝香龟的特点就是头大。但是和身体一比明显还是身体巨大，头部的颜色有粉红色或者是浅灰色的，上面还有圆点。嘴巴上面也有少量的放射条纹，呈现为黑色。全身的皮肤主要有粉红、橘黄跟灰色三种样式。