绿毛龟的外观特征为龟体表面覆盖绿色丝状藻类，形似披挂绿色毛发。其龟甲保持原有形态（如椭圆形或圆顶状），但颜色因藻类覆盖变为墨绿色。四肢和头部在藻类生长旺盛期可能部分被遮挡，但眼睛和鼻孔仍保持清晰可见。部分个体因藻类分布不均呈现斑块状绿色图案，具有独特审美价值。

野生绿毛龟与人工培育品种存在差异。前者藻类生长较稀疏，多集中于甲壳缝隙；后者通过人工干预实现全面覆盖，甚至可培育出特定造型（如心形或文字图案）。在光照条件下，藻类呈现金属光泽，随水流波动产生动态视觉效果，这是绿毛龟作为观赏水族的核心魅力所在。