马来西亚巨龟列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》(IUCN 2000年 ver 3.1)——濒危(EN)，马来西亚巨龟列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》(CITES)——附录Ⅱ。
马来西亚巨龟是保护动物，马来西亚巨龟在《中国濒危动物红皮书》爬行类中有记录，属于濒危级别，而在《濒危野生动植物种国际贸易公约》(CITES)中也属于二级保护动物。
在东亚食品市场交易的各种大小动物数量巨大。尽管受到官方保护，马来西亚巨龟还是从印度尼西亚大量出口。
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