佛罗里达麝香龟和密西西比麝香龟在以下方面存在区别：

分布区域：佛罗里达麝香龟主要分布在佛罗里达州，而密西西比麝香龟则主要分布在密西西比河流域。

外观：佛罗里达麝香龟的背甲颜色通常为棕色或黑色，而密西西比麝香龟的背甲颜色则多为深色，有时带有浅色斑块。此外，佛罗里达麝香龟的头部和四肢通常呈灰色或棕色，而密西西比麝香龟的头部和四肢多为黑色或深灰色。

体型：佛罗里达麝香龟的体型相对较小，成体腹甲长度通常在5-8厘米之间。而密西西比麝香龟的体型则较大，成体腹甲长度可以达到10厘米以上。此外，密西西比麝香龟的背甲也相对较高，呈现出更加圆润的外观。