沼泽侧颈龟的背甲棕色，每块盾片间的连接线呈深棕色，且较宽；背甲呈长方形，中央扁平。成龟腹甲深棕色，近似棕黑色(幼龟腹甲淡黄色，每条沟呈深棕色，周围呈淡棕色)。

腹甲上无韧带，胸盾沟不在中线相遇。头顶、颈背部呈淡灰褐色，散布深褐色小斑点，眼睛较大，喙呈人字形，颈腹部、喉部乳白色。四肢背部褐色，腹部乳白色，指、趾间具发达蹼，前肢和后肢均为5爪，尾短。

当受到惊吓时它们也会和麝香龟类一样排出麝香味的液体。但是经过驯养后这种本能多会消失。 雌雄辨别容易，雄性体型较小，尾巴粗大，雌龟体型大，尾巴较细小。