小猫鼻孔两边总有黑黑的污垢可能存在以下几个原因：

1、污垢残留：小猫在玩耍或探索时，可能会将污垢、灰尘、泥土等杂物吸入鼻腔，长时间残留在鼻孔周围。这种情况通常可以通过用棉签轻轻擦拭干净来解决。

2、毛囊炎：毛囊炎是一种常见的皮肤病，通常是由于饮食不当、环境卫生差等原因引起的。毛囊炎会导致鼻孔周围的毛发脱落，并出现黑色污垢。治疗毛囊炎的方法包括调整饮食、保持环境卫生、使用抗真菌药物等。

3、细菌感染：如果小猫的鼻孔周围被细菌感染，会导致炎症和色素沉着，出现黑色污垢。这种情况需要使用抗生素药物进行治疗。