猫咪耳螨和耳藓在病因、临床症状及治疗方法上存在显著差异。耳螨是由螨虫引起的体外寄生虫病，主要表现为耳部瘙痒、酸臭、发红及褐色痂皮等症状，分泌物呈黑褐色且伴有恶臭味。而耳藓则是由真菌感染引起，表现为耳部有黑色点状或块状黑斑，局部性掉毛，可通过皮肤镜检确诊，治疗时需口服抗真菌药物如伊曲康唑。

耳螨感染需使用洗耳液清理耳道后，再滴入耳螨药进行治疗；耳藓则需通过抗真菌药物进行全身或局部治疗。两者均需保持耳道干燥清洁，但耳螨需定期驱虫预防复发，耳藓则需增强猫咪免疫力以减少真菌感染风险。