猫杯状病毒可以使用在宠物医院直接购买宠物专用的消毒液，也可以使用戊二醛为主要成分的消毒液。猫杯状病毒在室内能存活一周左右。通常杯状病毒在空气中存活的时间是与环境温度有关的，在50度以上的环境中，杯状病毒在30分钟以内就能失去活性，在常温的情况下，能生存一周左右，而且脂溶剂类的消毒产品对它们没用，需要使用戊二醛为主要成分的消毒产品。

另外，为了预防猫杯状病毒出现继发性感染，主人可使用氨苄西林、卡那霉素等药物，将病猫隔离，做好消毒工作，恢复时仍应将猫隔离至少1个月，以防疾病传播。