短尾仓鼠的体背呈黄褐色带灰，体被毛柔软，背毛的毛基呈灰黑色，毛尖端黄褐色，在针毛间杂有纯黑色长毛。耳背为黑灰色，基部色较浅，呈黄褐色。耳基前缘具一簇白色毛。
短尾仓鼠的腹面毛为白色，腹中央毛基呈淡灰色。颈、喉颊为纯白色。尾毛有两色，上面同背毛，但色稍浅，腹面白色，尾基两侧臀部与背同色。四肢后背方毛色与背相同，四肢腹面白色。足掌裸露，背面白色。
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