沃那比蛇的全身分头、躯干及尾三部分。头与躯干之间为颈部，界限不很明显，躯干与尾部以泄殖肛孔为界。

沃那比蛇的躯体一般很长，呈圆柱形，其脊椎很明显。它的尾部相对而言比较短，尾部从肛门开始。雄性的尾部里有一对半阴茎，雌性则有产生气味的腺。沃那比蛇的内脏，尤其是胃，能够非常强烈的伸缩，一些沃那比蛇拥有能够感受热的器官。它的眼没有眼皮，瞳孔一般是长的。沃那比蛇能够通过舌感受味道，其咽里有两个小坑，那里的神经直接与脑相连，这个器官被称为犁鼻器。沃那比蛇没有听觉，但是能通过下颚感受震动。