红树巨蜥缺乏明显的两态性，只有关岛上的雄性红树巨蜥被报道体型是雌性的三倍。雄性会为了争斗配偶而争斗。交配时雄性会在骑到雌性背上之后用下巴摩擦雌性的头部和身体前端。交配时雄性和雌性可能会进行360度旋转，雄性一直保持上位。

交配后，雌性会产下2至12枚卵，卵的长度约为3.5-5厘米（1.4-2.0英寸）。卵为白色、呈椭圆形，七至八个月后幼年红树巨蜥就会孵出。现已有成功的人工繁殖记录。

繁殖期的红树巨蜥，主要吃蛋、鸟类、软体动物、啮齿动物、昆虫、螃蟹、小型蜥蜴、鱼类和腐尸。可以说它是唯一一种可以在较深水域捕捉鱼类的巨蜥，据了解，在某些地区它还会捕食未成年的鳄鱼。