六角恐龙鱼在3个月大以后才能判断公母，因为它们在幼年时期性特征还不够成熟，从外表观察基本无法判断性别。在六角恐龙鱼3月龄之后，会逐渐显现性特征，5-6个月大时，性特征就会特别明显了。
一般公的六角恐龙鱼后腿中间会有两颗圆圆的凸起，看起来非常明显，而母的后腿中间就基本没有凸起，相对很平坦。另外，同一环境下生活的公六角恐龙鱼会比母的更苗条，所以很容易看得出来。
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