龙种金鱼的出现时间，有着不同的说法，比较广泛的，认为1592年前就已出现，理由是明代屠隆所著的《考檗余事—金鱼品》中记述“第眼虽红贵于凸，然必泥此，无全鱼矣。”但是此论据只能说明有眼球突出金鱼的出现，还不能就此说明就是龙睛。研究金鱼遗传学的陈桢教授也曾就此注释：“不能肯定突眼是否即龙睛。”

至清代著名杂家姚元之(1773-1852)在其著作《竹叶亭杂记》中收录的金鱼论述：“龙睛鱼，此种黑如墨，至尺余不变者为上，谓墨龙睛。又有纯白、纯红、纯翠者，有大片红花者，细碎红点者，虎皮者，红白翠黑杂花者，变幻多种，不能细述。文人每就其花色名之，总以身粗而匀，尾大而正，睛齐而称，体正而圆，口圆面润，于水中起落游动稳重平正，无仰奔窜之状令观者神闲意静，乃为上品又有一种蛋龙睛，乃蛋鱼串种也。”不仅首次明确地提出了龙睛的名称，而且详细地介绍了各种花色与评鉴方法，证明至少在1852年之前，龙睛鱼已经出现。另根据日本金鱼史料，在明治二十八年（1895年）中国金鱼出口到美国，途经日本横浜时，曾在此地销售了一部分龙睛金鱼，自此龙睛鱼传入了日本。

龙睛金鱼一经出现，曾被选为宫廷金鱼。研究民俗的专家金受申先生提到：“早年内庭府第所养，只龙睛鱼一种，其他种类尚不多见。龙睛鱼以鱼睛凸出得名，以山东鱼秧为最佳品种。因为山东秧的龙睛，眼大，似“荸荠扁”，又名“算盘子”眼睛。只高凸而不扁，如牛子眼的，为龙睛鱼中的下品。鱼身要短而肥，尾大而长，并且周正的为上品。”清朝末期，龙睛鱼作为贡品，为皇族贵胄所独享，直至民国时期，才“游入”寻常百姓家。经过百年来金鱼养殖者的数代培育，已形成数十个品种，成为独立的品系—龙种。