沙漠疣猪通常出没于湿润开阔的短草区，喜欢温暖的气候，避免干旱的沙漠和高山稀树草原。主要栖息地是一种开放的干旱地区。

北方种群分布在“索马里——马赛金合欢——落叶丛林和丛林”和“索马里——马赛半荒漠草原和灌木丛”的植被类型中。这些栖息地的范围从旱生灌木和开阔的林地到半沙漠草原。沙漠疣猪更喜欢平原上的沙质土壤，避免丘陵地形。大多数记录来自低于200米的低地区域，少数在高海拔地区，但没有一个高于1000米。

该物种取决于水和阴雨的发生，并占据每年降雨量100-600毫米的区域。避免降雨量较大的地区以及最干旱和最炎热的沙漠地区，每年降雨量小于100毫米，与索马里炎热的沿海地区，欧加登东端以及湖泊以东的大部分荒漠灌木丛相对应。

与这种植被类型相关的恶劣气候条件表明，肯尼亚东北部的图尔卡纳湖和洛里安沼泽地之间以及肯尼亚和索马里之间的跨境地区之间的广阔沙漠地区实际上完全没有这种情况。曼德拉在这个意义上，沙漠疣猪虽然比非洲疣猪更适合极端干旱的环境，但它并不是真正的沙漠动物。

荒漠疣猪择偶后，在同一个繁殖季节不另觅伴侣。在多雨的地方，终年都可以繁殖，在较干旱的地方，繁殖有季节性。交配主要在5-6月期间，幼仔出生的高峰期出现在11-12月，产仔数从2-6个不等，主要是3-4个。在第一次分娩年龄为2岁，产仔的时间间隔为12个月，雌性有12年的寿命。

大多数情况下雌雄性别比约为1.5：1。幼猪在雨季将来临时出生，豪雨带来充裕的食物。繁殖力很强，因生殖器官的形状特别，雄猪阴茎末端是螺旋形的，与雌猪子宫颈的螺旋形管道刚好配合，所以精子得以直接进入子宫内。繁殖力很强，但幼崽死亡率很高。