蝙蝠粪便具有多种用途。在农业上，蝙蝠粪便富含氮、磷、钾等营养元素，是一种优质的有机肥料，能改善土壤结构，提高土壤肥力，促进植物生长。在医药领域，蝙蝠粪便在中医里被称为 “夜明砂”，具有清肝明目、散瘀消积等功效，可用于治疗一些眼部疾病和小儿疳积等病症。

此外，蝙蝠粪便在生态系统中也起着重要作用，它可以为土壤中的微生物提供养分，促进微生物的生长和繁殖，进而维持生态系统的平衡。同时，蝙蝠粪便也是一些昆虫和小型动物的食物来源，对维持生物多样性有着积极的意义。