山洞是蝙蝠较为常见的藏身之处。山洞内部黑暗、潮湿且温度稳定，能为蝙蝠提供适宜的栖息环境，有利于它们躲避天敌和恶劣天气。许多种类的蝙蝠，如大足鼠耳蝠等，会选择在山洞中栖息、繁殖。
一些蝙蝠会选择藏在树洞中。树洞可以为蝙蝠提供相对隐蔽的空间，像棕果蝠等就常栖息在树洞或棕榈科植物的叶鞘形成的空间中。
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