蝙蝠并非传统意义上的“害虫”或“益虫”，而是具有复杂生态功能的哺乳动物。食虫性蝙蝠（如菊头蝠）以蚊虫、飞蛾等农业害虫为食，每只蝙蝠一夜可捕食3000只以上昆虫，对控制虫害、保护农作物具有显著作用。
食果性蝙蝠（如狐蝠）通过传播花粉和种子，促进植物繁衍，维持热带雨林生态平衡。然而，部分蝙蝠可能携带狂犬病毒、尼帕病毒等人畜共患病原体，需科学防范其健康风险。其生态价值远超“益害”二分法，应被视为生态系统的重要成员。
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