蝙蝠窝的去除需遵循安全、人道原则，避免直接接触蝙蝠以防止被咬伤或感染病毒（如狂犬病）。首先应封闭所有可能的蝙蝠入口（如裂缝、缝隙），安装单向阀门使其自行飞出后无法返回。若蝙蝠已进入室内，可打开窗户并使用强光手电筒和噪音设备（如敲击金属盆）驱赶。

处理蝙蝠粪便时需佩戴防护装备（口罩、手套），因蝙蝠粪便可能携带组织胞浆菌等病原体。清理后需对区域进行彻底消毒，可用1:10的漂白剂溶液擦拭。若蝙蝠在空调内机等电器中筑巢，应联系专业人员拆除设备并消毒。需注意，许多蝙蝠种类受法律保护，驱赶或处理前需确认当地法规。