蝙蝠的名称源于其外形特征与行为习性，“蝙”‌指其翅膀形态扁平如膜，与鸟类羽毛翅膀不同。蝙蝠的翼膜由前肢演化而来，由细长的指骨间皮肤构成，这一独特结构被概括为“扁”。“蝠”‌源于古代“畐”（一种存储容器），因蝙蝠昼伏夜出时倒挂休息的姿态类似静止的畐罐。

此外，蝙蝠的学名“Chiroptera”源自希腊语“cheir（手）+ pteron（翅膀）”，直译为“手翼”，与其翼手目分类特征一致。英文名“bat”则来自北欧语言中的“night bat”，强调其夜行性。