大多数蝙蝠（尤其是小蝙蝠类）以昆虫为主食，如蚊子、飞蛾、苍蝇等，利用回声定位捕食。
另外，狐蝠科等大蝙蝠类常以水果为食，帮助传播种子；仅吸血蝠等极少数种类以血液为食，主要针对鸟类或哺乳动物。个别种类捕食鱼、蛙、蜥蜴或小型鸟类。
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