在传统医学中，蝙蝠的一些部位被认为有药用价值。例如，蝙蝠粪便被称为 “夜明砂”，可用于治疗目疾，如夜盲症、白内障等，有清肝明目、散瘀消积的功效。
但现代医学研究发现，蝙蝠是多种病毒的天然宿主，如埃博拉病毒、SARS 病毒等，其携带的病毒可能对人类健康造成严重威胁。因此，从蝙蝠身上获取药用成分存在极大的安全风险，而且许多传统的药用功效也缺乏科学依据的有力支持。目前，已不提倡使用蝙蝠及其制品入药。
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