蝙蝠是胎生动物。雌性蝙蝠通常在体内孕育幼崽，怀孕期因种类不同而有所差异，一般在几个月左右。在繁殖季节，雌雄蝙蝠会进行交配，之后受精卵在母体内发育。母蝙蝠会为胚胎提供营养和保护，就像大多数哺乳动物一样。

当幼崽发育成熟后，母蝙蝠会生下小蝙蝠。刚出生的小蝙蝠身体相对脆弱，需要母蝙蝠的照顾和喂养。母蝙蝠会用乳汁哺育幼崽，直到小蝙蝠能够独立生活。蝙蝠一般每次产仔数量较少，通常为 1 - 2 只，这是因为飞行生活需要母体消耗大量能量，过多的幼崽可能会对母体造成过大负担，不利于幼崽的存活和母体的生存。