蝙蝠在生态系统中扮演着不可替代的角色，其价值体现在多个层面。
首先，蝙蝠是高效的害虫控制者。全球约70%的蝙蝠以昆虫为食，一只食虫蝙蝠每晚可捕食3000只以上的蚊虫，有效减少农业害虫和疾病传播媒介（如疟蚊）的数量。据估算，蝙蝠每年为全球农业节省的农药成本高达数十亿美元。

其次，蝙蝠是植物授粉和种子传播的关键参与者。热带地区的果蝠以花蜜和果实为食，其飞行过程中会沾染花粉并传播至其他植物，促进植物繁殖。例如，马达加斯加的猴面包树完全依赖狐蝠授粉，而榴莲、香蕉等经济作物的种子也依赖蝙蝠传播。
此外，蝙蝠的粪便（夜明砂）是优质的天然肥料，富含氮、磷、钾等元素，在农业中具有重要应用价值。蝙蝠的研究还为医学、仿生学等领域提供灵感，例如其回声定位系统启发了雷达技术的发明。