蝙蝠的演化是长期自然选择的结果，并非由其他现存动物 “变化” 而来。根据化石证据，最早的蝙蝠化石可追溯至约 5200 万年前的始新世时期，如 “伊神蝠” 和 “爪蝠”，其骨骼结构已具备现代蝙蝠的特征，如伸长的指骨支撑翼膜，但牙齿结构显示其可能处于从食虫向飞行演化的过渡阶段。

蝙蝠的祖先可能是某种树栖的小型哺乳动物，为适应生存压力（如躲避天敌、开拓夜间生态位），逐步演化出滑翔能力，最终发展为主动飞行的能力。现代蝙蝠分为大蝙蝠亚目和小蝙蝠亚目，约 1400 种，其多样性是漫长演化过程中适应不同生态环境的结果。