穿山甲在自然界中处于较为脆弱的生态位，其生存主要面临以下威胁：

人类捕杀：穿山甲因鳞片具有药用价值（尽管现代医学已证实其并无不可替代性）及肉质被部分群体误认为“滋补”，长期遭受非法捕猎。国际自然保护联盟数据显示，过去十年间全球超百万只穿山甲因盗猎丧生，其种群数量在亚洲和非洲均急剧下降。中国自2020年起将所有穿山甲属物种列为国家一级保护动物，并全面禁止商业性贸易。

天敌威胁：豹、狼等大型食肉动物会捕食穿山甲。穿山甲的防御机制主要依赖鳞片包裹身体形成“铠甲”，但面对敏捷的捕食者时，其移动速度缓慢且缺乏主动攻击能力，难以逃脱追捕。

栖息地破坏：森林砍伐、农业扩张及城市化导致穿山甲的洞穴、蚁穴等食物资源减少。以中国为例，华南地区穿山甲栖息地面积较20世纪缩减超70%，直接加剧了种群隔离与近亲繁殖风险。

气候与灾害：极端天气事件（如暴雨、干旱）可能破坏其洞穴结构，或导致白蚁等主食减少。此外，非法贸易中的运输压力、圈养环境不适等人为因素，也会引发穿山甲应激反应，增加疾病感染和死亡率。