果蝇的眼色基因主要位于 X 染色体上。美国遗传学家摩尔根通过果蝇杂交实验发现，白眼雄果蝇与红眼雌果蝇杂交，F1 代全为红眼；F1 代雌雄果蝇相互交配，F2 代中红眼果蝇与白眼果蝇比例为 3:1 ，但白眼果蝇均为雄性。这表明果蝇眼色遗传与性别相关联。

进一步研究确定，控制果蝇眼色（红眼与白眼）的基因位于 X 染色体上，Y 染色体上没有其等位基因。红眼基因（W）为显性，白眼基因（w）为隐性。当雌果蝇基因型为 X^WX^W 或 X^WX^w 时表现为红眼，X^wX^w 为白眼；雄果蝇基因型为 X^WY 时为红眼，X^wY 为白眼 。