物理防治方面，可自制果蝇诱捕器。用塑料瓶，装入糖醋液（糖、醋、酒、水按 3:4:1:2 比例混合），瓶口剪几个小孔，果蝇会被气味吸引飞入，却难以逃出。

化学防治可在果蝇高发期，选用高效、低毒且对环境友好的杀虫剂，如溴氰菊酯，按说明稀释后，对果蝇栖息地（如果园、厨房垃圾桶周围）喷雾，注意避开食用作物与水源。生物防治则是利用果蝇天敌，如捕食螨、寄生蜂，释放到果园等环境，能有效控制果蝇种群数量。同时，及时清理腐烂果蔬、垃圾，减少果蝇滋生地，也是关键的防治手段 。