果蝇（以黑腹果蝇为例）的性别由性染色体决定，属于XY性别决定系统，但机制与人类略有不同：

雄性：染色体组成为XY，其中X染色体来自母本，Y染色体来自父本。Y染色体携带雄性决定基因（如SRY基因的同源基因），但果蝇性别更依赖X染色体与常染色体的比例（X:A=1为雌性，X:A=0.5为雄性）。

雌性：染色体组成为XX，两条X染色体分别来自父母本。

特殊情况：若果蝇有3条X染色体（XXX）或单条X染色体（XO），可能因基因剂量失衡导致不育或死亡，但在实验条件下可存活。