果蝇（黑腹果蝇 Drosophila melanogaster）的基因组相对简单，约含有 1.3 万 - 1.5 万个蛋白质编码基因，分布在 4 对染色体上（包括 1 对性染色体）。

尽管基因数量比人类（约 2 万 - 2.5 万个）少，但与人类基因的同源性较高，约 60% 的人类疾病相关基因在果蝇中存在对应版本。其基因组于 2000 年完成测序，因基因数目少、突变表型明显，成为研究基因功能、发育调控和疾病机制的重要模型。