果蝇与苍蝇同属双翅目，但分属不同科。果蝇体型微小（1.5-4 毫米），体色多为黄褐色，头部常具红色复眼，幼虫以腐烂水果和酵母为食，生命周期短（约 10 天），繁殖力强（单次产卵约 400 枚），是实验室常用的模式生物，生态角色为分解者和授粉者。

苍蝇（如家蝇）体型较大（6-12 毫米），体色灰黑，喜食腐肉、粪便，生命周期约 30 天，单次产卵约 100 枚，是传播疾病的卫生害虫，二者在食性、危害和科学价值上截然不同。