果蝇具备自交能力，但需区分生物学自交与人工干预自交两种情境。在自然状态下，果蝇为两性生殖生物，雌雄个体通过交配实现基因重组，其交配行为受性梳、费洛蒙及视觉信号共同调控。然而，在实验室条件下可通过人工强制实现自交：将单只雌雄同体突变体（如某些线虫基因转入果蝇产生的雌雄嵌合体）或近交系果蝇隔离饲养，使其后代基因型趋于纯合。

需注意野生型果蝇自交易导致隐性致死基因纯合化，使后代存活率显著下降。例如，白眼基因（w）为X连锁隐性突变，若白眼雌蝇与白眼雄蝇交配，F1代雄蝇将全部死亡；而红眼雌蝇与白眼雄蝇杂交，F1代雌蝇为杂合子（XWXw），雄蝇为半合子（XwY），可通过回交产生纯合突变体。自交策略常用于基因定位、连锁分析及遗传负荷研究，但需严格控制实验条件以避免种群退化。