雄性果蝇和雌性果蝇性成熟后，会在水果等食物附近进行交配。雄性通过特定行为向雌性求爱，如用前腿轻拍雌性、跟随、振动翅膀并发出声音等。若雌性接受，便会表现出 receptive 行为并打开阴道板进行交配。成功交配后，雌性会暂时拒绝其他雄性，以增加产卵效率。交配后的雌性果蝇会寻找熟透、开始腐烂的水果或蔬菜，以及发酵物、腐肉、粪便等有机物作为产卵场所，利用腹部末端的产卵器将卵产在这些物质表面或内部的微小凹陷、破损处。雌性果蝇一天可产卵 50 - 70 个，一生能产下几百个卵。