预防果蝇需从环境管理与物理阻隔两方面入手。在环境管理上，需保持厨房、垃圾桶及排水管道的清洁干燥，每日清理厨余垃圾并使用密封容器储存食物，避免果蝇接触发酵源。水果采购后应立即冷藏，尤其是杨梅、葡萄等高风险品种，存放时可用牛皮纸袋密封。物理阻隔方面，可在纱窗、门窗缝隙处加装细密防虫网，阻止成虫飞入室内。

此外，利用果蝇厌恶的气味进行驱避亦有效，例如在垃圾桶旁悬挂柠檬皮、蒜头或薄荷精油棉球，或在水果盘旁放置苦瓜叶。商业场所中，可在蔬果区上方安装小风扇形成气流屏障，或定期喷洒柠檬草油、薰衣草油等天然精油，干扰果蝇的嗅觉定位。