果蝇科包含超过4000种已知物种，其中常见种类包括黑腹果蝇、樱桃果蝇、巴氏果蝇及嗜凤梨果蝇。黑腹果蝇因其生命周期短、繁殖力强，常被用于遗传学研究；樱桃果蝇则因雌虫产卵器锋利，可直接刺入未熟果实内部产卵，对樱桃、蓝莓等作物危害严重。巴氏果蝇体型较小，多栖息于腐烂植物附近；嗜凤梨果蝇则偏好发酵水果，常在酒厂或果汁加工厂爆发。

此外，还有双栉果蝇、土黄果蝇等，不同种类在形态、习性及宿主偏好上存在差异。果蝇体型微小（1.5-5毫米），复眼红色，触角羽毛状，成虫寿命仅8-10天，但繁殖速度极快，一只雌蝇一生可产卵400-600枚。