果蝇的杀灭需结合环境治理与物理、化学手段综合实施。首先，需彻底清理其滋生地，如腐烂水果、厨余垃圾及潮湿水槽，定期清洁垃圾桶并加盖密封，避免食物残渣暴露。物理诱捕是有效手段之一，可自制简易诱捕器：将腐烂水果或果醋倒入容器，用保鲜膜覆盖并戳小孔，利用果蝇对发酵气味的趋性将其困住；或使用市售粘虫板、诱蝇灯，但需注意黑斑果蝇对灯光不敏感，需搭配食物诱剂。

化学防治方面，可选用含除虫菊酯或氯氰菊酯的喷雾剂，但需避免直接喷洒于食物表面，且需注意杀虫剂对卵无效，需持续使用。此外，定期用漂白水（1:1000稀释）冲洗排水管可杀灭管道内的幼虫及虫卵。对于果园等大面积区域，可悬挂含甲基丁香酚的诱捕瓶或释放天敌昆虫（如东亚小花蝽）进行生物防治。