杀果蝇可以用多种方法。可以制作毒饵，将一些腐烂的水果放在小容器中，加入少量敌百虫等杀虫剂，果蝇被水果气味吸引后会取食毒饵而死亡，但要注意将毒饵放置在儿童和宠物接触不到的地方。

也可以使用电蚊拍，在果蝇密集的地方挥动电蚊拍，能直接击杀果蝇。还可以在室内喷洒专业的除虫气雾剂，关闭门窗一段时间，让气雾剂充分发挥作用，但使用后要及时通风，散去气味和残留物质。另外，利用紫外线诱虫灯也能吸引并杀死果蝇，将诱虫灯放在果蝇经常出没的地方，效果较好。