生吃南瓜子不能有效驱蛔虫。南瓜子含南瓜子氨酸，体外实验显示可能对寄生虫有麻痹作用，但口服后在人体消化道内的浓度和作用有限，且缺乏临床研究证实其驱虫效果。

从医学角度看，驱蛔虫需依赖专业驱虫药物（如阿苯达唑），这类药物经过严格试验，能针对性杀灭蛔虫并排出体外。若仅凭南瓜子驱虫，可能因效果不足导致蛔虫在体内繁殖、游走，引发腹痛、营养不良甚至肠梗阻等问题。

此外，生南瓜子油脂含量高，过量食用可能引起腹胀、腹泻等消化道不适。若怀疑感染蛔虫，应先通过粪便检查确诊，再在医生指导下规范用药，避免自行用偏方延误治疗。