河豚体内含有剧毒的河豚毒素（TTX），其毒性分布复杂且广泛，主要集中于卵巢、肝脏、血液、皮肤、鱼鳃及肠道等部位。其中，卵巢和肝脏的毒性最为强烈，尤其是春季繁殖期的雌性河豚，卵巢毒素含量可达到致死剂量；而肝脏因富含毒素，误食后极易引发中毒反应。此外，河豚的血液中同样含有毒素，尤其是脊血块部位毒性较高；皮肤和鱼鳃虽毒性相对较弱，但仍需彻底清理。

值得注意的是，河豚的肌肉组织通常无毒，但若处理不当（如未彻底去除内脏或血液渗入），也可能导致毒素残留。因此，食用河豚必须由专业厨师严格处理，确保毒素完全清除，否则可能引发神经麻痹、呼吸困难甚至死亡。