鲸鱼是哺乳动物，用肺呼吸。它们的呼吸方式与人类等陆地哺乳动物有相似之处，但也有适应水生环境的独特特点。鲸鱼的鼻孔长在头顶，称为喷气孔。当鲸鱼需要呼吸时，它会浮出水面，通过喷气孔将肺部的废气排出，这些废气在空气中形成壮观的水柱。这是因为鲸鱼呼出的气体温度较高且含有大量水汽，遇到冷空气后迅速凝结成小水滴，从而形成了我们看到的水柱现象。

鲸鱼在水下时，会关闭喷气孔，防止水进入肺部。它们能够在水下憋很长时间的气，不同种类的鲸鱼憋气时间有所不同，有的可以憋气数十分钟甚至更长时间。这得益于它们高效的呼吸系统和特殊的身体结构，例如它们的血液可以储存更多的氧气，肌肉中也含有大量的肌红蛋白，能够帮助储存氧气，以供长时间潜水时使用。

鲸鱼的呼吸是一种有意识的行为，它们必须主动控制呼吸过程。这与人类等陆地动物在睡眠时也能自动进行呼吸有所不同。鲸鱼在休息时，通常会让一部分大脑保持清醒，以控制呼吸，确保自己能够按时浮出水面呼吸空气，避免在睡眠中窒息。