兽用黄芪多糖的最佳配伍因动物种类和疾病类型而异。以下是一些常见的配伍建议：

猪：对于断奶前的仔猪，可以配合恩诺沙星注射液注射后海穴。对于中大猪，可以控料2-3天，严重的个体可以用黄芪多糖+氧氟沙星或恩诺沙星注射后海穴，同时口服补液盐+硫酸粘杆菌素+黄芪多糖饮水。对于母猪，可以控料2-3天，同时口服补液盐+硫酸粘杆菌素+黄芪多糖饮水。

鸡：可以与干扰素、免疫核糖核酸、转移因子、白细胞介素、抗菌肽、细菌素、溶菌酶、肾上腺素、利尿剂、抗血压药物等联合使用；可与人参、苦参、板兰根、柴胡、当归、生地、防风、金银花、麻黄、党参、附子、益母草、山豆根等联合使用；不能与青霉素类、黄连、黄柏、玄参等联合使用。