水蛭养殖存在多方面的风险。首先是技术风险，目前水蛭养殖技术门槛较高，我国水蛭处于养殖研究阶段，技术还不够成熟。不少所谓技术培训、技术指导只是纸上谈兵，水蛭虽然生命力强，但一旦水源被污染，即有可能“全军覆没”；水蛭特别喜欢钻泥，池底稍有漏洞，就可能导致其逃走无影无踪；水蛭虽然繁殖率高，但隔代繁殖不易。其次是种源风险，水蛭种源的纯正性难以保证，需防止不良种苗商浑水摸鱼。

水蛭药典来源只有三种，其中少数供种单位标新立异，推出所谓其他品种，养殖者采购时需加留意，在引种时注意分辨。再者是市场风险，在市场饱和的情况下，价格就会有所压制，在丰产不定的情况下，价格上还会下降，再加上成本的增加，对新养殖户就会存在较大的风险。2014年是近几年销售价格最高的一年，价格较稳定，利润的最大化促使一些养殖户直接和某些药厂订单，量大价格略低，这给规模小或者新养殖户形成了压力。另外，长年养殖对土壤也有伤害，所有的水蛭养殖土地流转合同都签订到2028年，每年收获结束，要对养殖池塘进行消毒处理，用的都是石灰，年数久了会让土壤板结，影响土质。被流转土地的农户利益也令人担忧，养殖户所交的复垦保证金一般是600元/亩，长达十几年的土地流转合同，从养殖户手中获取租金，但是养殖的风险大，很难保证农户能安全地逐年领取。